Mucho ha inquietado a los estudiosos de la historia regional y local la idea de una supuesta fundación hispánica de Irapuato; aunque bien sabemos que ya existía ocupación indígena en este sitio, con la llegada de los españoles no se puede afirmar una fundación propiamente dicha, sino el simple arribo de éstos a colonizar y a ocupar las zonas habitables en los márgenes de los ríos Guanajuato y Silao.
Podemos citar a varios autores que han estudiado el tema, siendo uno de ellos J. Jesús Rodríguez Frausto, quien en su estudio titulado Irapuato se refiere a la Cédula de Fundación fechada el 15 de febrero de 1547. El autor la extrajo textualmente del libro Apuntes para la historia de Irapuato de Pedro Martínez de la Rosa, quien hace, a su vez, alusión a dos fuentes: el Semanario de Agricultura y Ganadería en su edición correspondiente al 22 de mayo de 1896 y El Progreso de México del mismo año, y quien propone como presentador de la antedicha Cédula de fundación a Hipólito Chambón, el que no se percató de que se mencionaba a don Luis de Velasco como virrey cuando éste aún no gobernaba y de que el (¿ pueblo de Celaya" para entonces todavía no existía y de que nunca tuvo la categoría de Pueblo.
Antes que Hipólito Chambón, el doctor José Guadalupe Romero publicó en 1862 algunas inexactitudes en los nombres de los primeros españoles pobladores de Irapuato; posiblemente Chambón se basó en él y creó varias confusiones al respecto. Por otro lado, Pedro González, influido también por el doctor Romero, en su conocida Geografía local del estado de Guanajuato, además de afirmar la fecha manejada como "de fundación", dice que Vasco de Quiroga fue el fundador. Cabe aclarar que Irapuato para entonces formaba parte del Obispado de Michoacán, a cargo del cual estaba Vasco de Quiroga, pero se carece de pruebas que den fe de la presencia física de este personaje en nuestra Ciudad, aunque la influencia de su filosofía se reflejó en el Hospital de Indios Tarascos, que dio servicio a la población.
Don Fulgencio Vargas aventuradamente opina que los fundadores de Irapuato fueron hombres de don Nicolás de San Luis Montañez, sin presentar prueba alguna.
El doctor Wigberto Jiménez Moreno, en su obra La colonización y evangelización de Guanajuato en el siglo XVI (1944), hace notar los anacronismos de la Cédula, y en una segunda edición (1958) afirma que no existió en Irapuato una "población formal" sino hasta 1589, en que se fundó la Congregación de este nombre, según documento encontrado por Pedro Martínez de la Rosa, quien en su artículo titulado "Ciudades del Bajío: Irapuato como Congregación" (publicado en el periódico excelsior el 2 de mayo de 1954) subraya los hechos que a continuación se mencionan:
1) El 30 de abril de 1557, el virrey don Luis de Velasco firmó la merced en favor de don Francisco Hernández (refiriéndose a la propiedad de algunos sitios de Irapuato).Aunque Rodríguez Frausto reconoce el trabajo histórico de Pedro Martínez de la Rosa por haberlo fundamentado en el Archivo General de la Nación y en algunos juzgados de Irapuato, afirma que confundió el significado de "Estancia" como unidad agropecuaria, con una "unidad urbana", como lo demuestra en su libro Apuntes para la historia de Irapuato en donde comenta: "se debe advertir que una es la fecha de expedición de la merced que se otorga y otra bien distinta la fecha en que se da posesión de¡ sitio mercedado", más importante es lo segundo, ya que es cuando se puede iniciar su explotación.
Martínez de la Rosa propuso entonces como fecha de fundación de Irapuato el 30 de abril de 1557 por haberse otorgado y firmado en esa fecha la Merced, aún cuando don Francisco Hernández tomó posesión de la tierra algún tiempo después.
Al respecto, J. Jesús Rodríguez Frausto, basándose en u na Memoria y Relación Jurada (22 de mayo de 1710) del bachiller Domingo Bravo de Laguna Comisario del Santo Oficio de la Inquisición por el Partido de Irapuato, que registra al "Sitio de Irapuato", pone en entredicho la fecha propuesta por Martínez de la Rosa, argumentando que no era posible la urbanización del lugar en el corto periodo en que fue dueño Francisco Hernández (del 30 de abril al 11 de septiembre de 1556). Al presentar los títulos y sucesiones de las tierras poseídas, el bachiller Bravo de Laguna describe:
El virrey don Luis de Velasco hace merced de un sitio de estancia para ganado mayor el 30 de abril de 1556 en favor de Francisco Hernández quien por donación del 11 de septiembre de 1556 reparte sus tierras entre Guillermo Plancarte Pedro González y Gerónino Jiralde Isabel Hernández (esposa de don Juan Pérez Quintana) heredera del anterior, finalmente vende parte del predio a Alonso Díaz.
Según afirma Rodríguez Frausto, fue en la parte que le correspondió a Gerónimo Jiralde donde se formó Irapuato, pues menciona una petición que suscribieron Juan de Aróstegui, Domingo Azconobieta, Carlos Antonio Tolenares y Antonio Marañón como representante de los vecinos de la "Congregación de Nuestra Señora de la Concepción de Irapuato", el 17 de septiembre de 1710. Afirma además que Isabel Hernández tomó una pequeña porción para que de ahí surgiera la Congregación aproximadamente 140 años atrás, llamándole al sitio "Nuestra Señora de los Remedios". Don Juan Pérez Quintana, sucesor, donó a muchas personas tierras que fueron habitadas, en cuya superficie se erigió la Iglesia Parroquial, la Iglesia del Hospitalito de Nuestra Señora de la Misericordia, la de El Señor San José y la de Nuestra Señora de la Soledad.
En cuanto a la jurisdicción política de Irapuato, Rodríguez Frausto comprueba por medio de varios documentos originales pertenecientes al Archivo Histórico de León, que en sus orígenes esta ciudad se hallaba adscrita a la Alcaldía Mayor de las Minas de Guanajuato; que posteriormente dependió de la Alcaldía Mayor de León, desde 1580 hasta los albores del siglo XVII, y que cuando se fundó la Villa de Salamanca pasó a estar bajo la jurisdicción de ella.
Debido al crecimiento geográfico y poblacional de la Nueva España, el gobierno virreinal se vio en la necesidad de cambiar la estructura jurídico-política del interior del territorio. De esta manera, por ordenanza expedida en Real Cédula dada el 3 de octubre de 1558 en Valladolid, muchas estancias dejaron de serlo para convertirse en Congregación. Tal fue el caso de este municipio, en donde la unión de varias estancias o fracciones de éstas conformó la susodicha Congregación de Irapuato. Más tarde, al expedirse la Real Cédula de reducción de los indios a poblados, para su mayor y mejor adoctrinamiento y gobierno, Irapuato ejerció su categoría de Congregación. Todo esto en el año 1589.
Con el cambio de categoría la población de Irapuato vio mejorada su actividad y condiciones de vida en todos los aspectos, pues muchos de los indígenas fueron avecindados en este lugar, además de que algunos mineros de Guanajuato tomaron a Irapuato como lugar de residencia.
Se sabe que fueron españoles los primeros residentes, pero es de suponerse que en la estancia también radicaban indígenas, que eran quienes realizaban las tareas relativas a la agricultura para los estancieros.
Se ignora si en la estancia de Irapuato existían autoridades civiles o eclesiásticas, nombradas o instituidas, pero es presumible que en la práctica sí las había, sobre todo civiles. Posteriormente, y de acuerdo con el rango político que ostentaba, señala Pedro Martínez de la Rosa en sus apuntes para la historia de Irapuato, "le fue concedido un alcalde ordinario facultado para conocer toda clase de negocios en el ramo civil y penal". Este Alcalde debía ser electo de entre la población para que, teniendo un conocimiento real y directo del lugar donde ejercía, pudiera al mismo tiempo contar con el apoyo y respeto de la población. "Tan amplias eran las facultades dadas a estas autoridades", concluye Martínez de la Rosa, "que no fue raro verlos mercedar, a nombre del Rey, tierras a los particulares".
El primer alcalde del cual se tiene noticia fue Silvestre de Aguirre, que ostentaba el título de Teniente de Alcalde Mayor en el año 1609. Otro alcalde fue Manuel de Martínez de Lexalzar, quien cumplió varios periodos como funcionario en. los años 1744, 1756, 1760, 1764 y 1766.
Con la formación de la Congregación se efectuaron nuevas reducciones de indios, lo que ocasionó un aumento sustancial en la población de éstos, por lo cuál se estimó conveniente la designación de un sacerdote permanente que pudiera adoctrinar a los vecinos. Al respecto afirma el mismo Martínez de la Rosa: "este hecho indica que la creación del curato en Irapuato fue contemporánea a la Congregación".
Es quizá entonces cuando se da comienzo a la catequización extensiva en la Congregación, por medio de un Hospital para indios tarascos donde se rendía culto a una imagen de Nuestra Señora de la Misericordia, a la cual con el tiempo se le edificó su propio templo.
Para finales del siglo XVI la zona que hoy comprende el actual municipio de Irapuato comenzó a crecer en población debido a las mercedes reales concedidas en ese tiempo.
El 12 de octubre de 1560 el virrey don Luis de Velasco, padre, merceda la estancia del Carrizal a favor de Francisco Ramos. El 111 de marzo de 1576 la estancia de San Juan de la Garrida es mercedada por el virrey Martín Enríquez, y el 16 de junio de 1592 mercedó la estancia de Serrano el virrey Luis de Velasco hijo.
Por la relación que ampara la merced de la Garrida se puede establecer que la de Arandas y la de Trejo fueron mercedadas antes, ya que ambas se mencionan como colindantes respectivas de San Nicolás de la Calera.
Debido a la prosperidad de las vetas guanajuatenses no tardaron en poblarse los valles existentes entre los minerales y la estancia de Irapuato. Las estancias de Silao, Irapuato y Jaripitío vivieron el esplendor productivo y también la decadencia al mismo tiempo que sucedieron en la Villa de Santa Fe y Real de Minas de Guanajuato. Ahora bien, el Bajío no se pobló de la noche a la mañana. De acuerdo con un informe episcopal, hacia 1620 su población no sobrepasaba a las cinco mil familias.
Por otra parte, la Congregación de Irapuato legalmente perteneció siempre a la jurisdicción de la Villa y Real de Minas de Guanajuato, pero ocurrió en dos ocasiones que dicha jurisdicción se encontró en disputa. Primero, en 1579, la Villa de León pretendió tener autoridad sobre la Congregación. Esta pretensión era inadmisible puesto que entre León e Irapuato está Silao y éste siempre perteneció a Guanajuato sin ninguna disputa. Después, en 1602, con Salamanca, que incluso fue fundada por un natural de Irapuato de apellido Sánchez Torrado. La controversia se inició en el año 1643 y no fue sino hasta 1652 cuando se dictó resolución sobre la legitimidad de los derechos que Guanajuato reclamaba; pero para su cabal cumplimiento fue necesario que Guanajuato amenazara con dejar de pagar el Quinto Real. Tales disputas son comprensibles tomando en cuenta la importancia de la Congregación de Irapuato como centro agrícola y comercial, además de que para Guanajuato representaba una fuente indispensable de abastecimiento de alimentos.
En 1631 el Obispado michoacano levantó un censo en el que se anotan datos relativos a las estancias y labores de la Congregación de Irapuato. En él se manejan cantidades de la producción de ganado y cosechas, y se hace referencia sobre medios arrendatarios y terrazgueros (indígenas que tenían derechos sobre parcelas y animales) que ocupaban algunos de los sitios. También se menciona el Hospital de Indios que había entonces en la Congregación, la cual es descrita por Ramón López de Lara como "un pueblo de doce vecinos y otros diez o doce indios casados, es administración de clérigos y lleva el cura que los administra sus cuatro novenos, conforme las provisiones de los virreyes".(Los cuatro novenos era la parte que le correspondía al cura de lo obtenido en las estancias y labores bajo su cargo.)
Para 1631 las 24 estancias y labores que figuraban en la Congregación de Irapuato eran:
Del citado Censo se desprende, entre otras cosas, lo siguiente: en las estancias y labores habitaban más o menos 300 indios casados y algunos esclavos; en la Estancia del Carrizal vivían más de 20 mulatos libres; en la Labor de Andrés Sierra vivían indios arrendatarios, y en la Estancia de San Nicolás indios terrazgueros (indígena que tenía derecho sobre parcelas y animales), aclarando que estos últimos eran los que menos producían. De las Estancias más ricas, la de Francisco Martín Gallardo obtenía seis mil fanegas de maíz y la de Buenavista de Catalina Zavala 1 900 becerros, sin contar otros tipos de cosechas y ganados que en menor escala se registraron.
Agrupar en un solo grupo étnico o lingüístico a los pobladores de la región abajeña es algo en verdad difícil, si se torna en cuenta que la zona en cuestión se encontraba en los límites, nada precisos por cierto, de Mesoamérica, de los pueblos cultos y civilizados en hostilidad y defensa de los nómadas y "bárbaros" chichimecas. Resultaría fallida cualquier aseveración acerca de qué grupos indígenas conformaron en mayor número la población en el Bajío durante esta época.
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